V důsledkupomnichovských změn se změnil i název společnosti na Česká otolaryngologická společnost. Název přetrvával v období 1939–1945, předsedou zůstal nadále prof. Antonín Přecechtěl. Za německé okupace byla omezena činnost společnosti, sjezdy byly zakázány, počet schůzí byl redukován, odborníci neárijského původu museli být z ORL společnosti vyloučeni, přednostové klinik byli svých míst zbaveni, bylo zrušeno členství dopisujících členů ORL společnosti. Udrželo se však vydávání výročních zpráv o činnosti ORL společnosti, byť v omezeném rozsahu, a to až do správního údobí 1945–1946.
V návaznosti na vznik Slovenského státu byli nucení čeští odborníci v Bratislavě, prof. B. Wiškovský, přednosta Rinolaryngologické kliniky, a prof. P. Záviška, přednosta Otologické kliniky odejít ze Slovenska.
Po osvobození v roku 1945 se opět obnovila Československá otolaryngologická společnost.
Bližší informace o tom, zda vůbec probíhal život ORL společnosti, jaká oddělení vznikla během okupace a jaká byla situace na Otolaryngologické klinice Všeobecné nemocnice v Praze, včetně zpráv z dobového tisku najdou zájemci v připravované monografii Historie ORL – 100 let.
Ivan Kalivoda, Pavel Komínek, Viktor Chrobok